Para o Pantanal, foi dado inicialmente um tratamento comparável ao Cerrado para definir áreas prioritárias. Além disso, foi realizada uma análise específica, com o objetivo de inserir o conceito de corredores ecológicos.

A estratégia de conservação para o Pantanal tem como fundamento uma abordagem que considera a região de maneira integral, onde as áreas prioritárias devem estar conectadas e as ações levam em conta as interdependências de seus diversos ecossitemas. A estratégia proposta busca apontar não somente áreas representativas dos diversos sub-ecossistemas regionais, mas também assegurar o papel do Pantanal como corredor de dispersão de espécies e de integração dos biomas circunjacentes. Destaca-se, assim, a sua importância no contexto biogeográfico Neotropical.  

Os conceitos de bacias hidrográficas e de gradientes de inundação também são essenciais na escolha de áreas e em sua priorização e na indicação de uma abordagem que incorpore a estratégia dos corredores ecológicos. O objetivo foi estabelecer um regime particularizado de uso da terra capaz de compatibilizar o seu potencial produtivo com a conservação de seus recursos naturais. Trabalhos recentes, como o Plano de Conservação da Bacia do Alto Paraguai (PCBAP) e as indicações do PRODEAGRO para o estado de Mato Grosso foram utilizados.

As áreas apontadas como prioritárias para o Pantanal Mato-Grossense estão divididas em três classes. O nível máximo de prioridade refere-se a áreas nucleares, onde recomenda-se o estabelecimento de unidades de conservação de uso direto ou indireto. Um segundo nível de priorização engloba as áreas onde as políticas de desenvolvimento devem observar padrões rígidos quanto a ações de desmatamento, erosão, poluição por agentes químicos, além de implementar um plano pormenorizado para o uso do solo. As demais áreas devem receber um tratamento diferenciado por parte dos gestores públicos e privados para proteção deste bioma singular, respeitando seu status constitucional de Patrimônio Nacional.  

Os corredores identificados foram divididos em:

Norte / Sul – Acompanhando os rios Paraguai e Jaurú no Mato Grosso, desce em direção ao Mato Grosso do Sul até a região do rio Apa, próximo à cidade de  Porto Murtinho. Esta área engloba  a REBIO Serra das Araras, a EE Taiamã, o PARNA do Pantanal Mato-Grossense e as RPPN Doroche e Penha, próximas ao maciço do Amolar. Também merecem destaque as áreas ainda não protegidas, todavia prioritárias, como o residual do Urucum e áreas próximas no Nabileque. Ao sul, localiza-se a região de influência do Chaco Paraguaio, com suas formações mais secas.

Leste / Oeste – Essa porção foi dividida nos eixos superior, médio e inferior. O primeiro é formado pelos rios Cuiabá, São Lourenço e Piquiri. Liga as chapadas ao rio Paraguai, incluindo o PARNA da Chapada dos Guimarães, a reserva indígena Bororo e a RPPN do SESC. No rio Piquiri, destaca-se a entrada do rio na planície com o estabelecimento de áreas protegidas no norte da região do Paiaguás.  O eixo médio relaciona o Pantanal com os chapadões de Goiás, mais precisamente com o PARNA das Emas. Nesta região nascem os rios Taquari, Jauru, Coxim e Verde, cuja influência sobre o Pantanal é preponderante, sendo responsáveis pelas subregiões da Nhecolândia e Paiaguás. Nesta área estão previstas algumas ações conservacionistas como a expansão do PARNA das Emas e a APA do Alto Taquari. Pleiteia-se ainda a criação de uma área protegida que possa representar as áreas de influência do rio Taquari. O eixo inferior é composto pela bacia dos rios Negro e Miranda, sendo o primeiro, o mais conservado do Mato Grosso do Sul. Algumas medidas de conservação estão sendo tomadas nesta área, como a criação do Parque Natural e o sítio RAMSAR, nas cabeceiras do rio Miranda. Está também prevista a criação do PARNA da Serra da Bodoquena, que engloba os afluentes cársticos do rio Miranda e os rios Formoso e Salobra.

Pantanal (MS)

Algumas áreas extra pantaneiras que merecem prioridade foram demarcadas, abrangendo os cerrados do Mato Grosso do Sul. Inicialmente, foram indicadas as várzeas do Ivinhema, com ecossitemas fluvio-lacustres importantíssimos na homeostase do rio Paraná. Um pouco mais ao norte, encontra-se a bacia do rio Sucuriú, cujas nascentes são próximas ao PARNA das Emas e cuja foz com o rio Paraná oferece condição impar para a reprodução de peixes migratórios. Outra porção já bastante alterada no sul do estado abrange os campos de vacaria, com ocorrência da erva mate. Atualmente, sua maior parte encontra-se convertida em agropecuária, onde poucas manchas nativas ainda existem.